Научные отделы и лаборатории

В современную структуру Института микробиологии и вирусологии им. Д.К. Заболотного НАН Украины входят 16 научных отделов и лабораторий.

В структуру Института также входят административно-хозяйственное подразделение, научная библиотека, редакционно-издательский отдел, подразделение питательных сред, питомник, опытное поле, бухгалтерия, служба охраны труда и ТБ, служба пожарной безопасности, отдел материально-технического снабжения, отдел кадров, спецчасть, штаб гражданской обороны, канцелярия, научный архив, копировально-множительное бюро, эксплуатационно-технический отдел, автотранспортная участок, хозяйственная служба.

К Институту также относится мемориальный музей-усадьба основателя Института, выдающегося украинского ученого-микробиолога Д.К. Заболотного в с. Заболотное Крыжопольского района Винницкой области.