З першого дня існування ІМВ НАНУ йому надзвичайно щастило на непересічні особистості, в першу чергу поталанило з його організатором і першим директором. Ним став академік Данило Кирилович Заболотний (1866-1929 рр.), всесвітньо відомий вчений, засновник епідеміології та ряду напрямків у мікробіології, який в побуті був надзвичайно скромною людиною і, будучи вже широко знаним вченим, академіком, членом уряду, вважав себе селянином села Чоботарка (нині село Заболотне Крижопільського району Вінницької області). Видатний учень першого лауреата Нобелівської премії в галузі медицини Іллі Ілліча Мечникова, якого називали «насадителем бактеріології» в Росії, Д.К. Заболотний був не тільки талановитою і сміливою людиною, а й прекрасним організатором науки, що створив до 1928 року декілька науково-дослідних інститутів і кафедр. 3 травня 1928 року Д.К.Заболотного було обрано президентом Всеукраїнської академії наук, а вже 31 травня 1928 року вийшла постанова уряду про створення в Києві Інституту мікробіології і епідеміології, правонаступником якого сьогодні є ІМВ НАНУ

Д.К. Заболотний був директором інституту менше двох років, бо 15 грудня 1929 року він помер через запалення легенів. Але поштовх, який він надав розвитку інституту, принципи науково-дослідної роботи в ньому та відносини між фахівцями його колективу зберігаються і до цього часу Заповіти Д.К. Заболотного втілювалися в життя іншими видатними вченими, що працювали тут. За 80 років існування ІМВ НАНУ його директорами після Д.К.Заболотного були: Михайло Іванович Штуцер (1930 р.), Микола Васильович Стадніченко (1930-1933 рр.), чл.-кор. АН УРСР Гнат Омелянович Ручко (1933-1937 рр.), Петро Юхимович Марусенко (1937-1941 рр.), академік АН УРСР Віктор Григорович Дроботько (1944-1962 рр.), чл.-кор. АН УРСР Семен Микитович Московець (1962-1971 рр.), чл.-кор. АН УРСР Дмитро Григорович Затула (1971-1977 рр.), академік НАН України Валерій Веніамінович Смірнов (1977-2002 рр.), з 2003 року ІМВ НАНУ очолює академік НАН України В.С.Підгорський.

Можна стверджувати, що стабільність інституту свідчить про досить досконалий підбір керівних кадрів у системі Національної академії наук України і про високий рівень морального клімату всередині колективу ІМВ НАНУ на всіх етапах його розвитку. Принципи відносин у колективі інституту, закладені Д.К. Заболотним (а це чуйність, людяність, висока вимогливість і здатність прийти на допомогу один одному), сприяли тому, що інститут із перших днів існування дуже високо підняв планку рівня своїх досліджень і швидко завоював авторитет серед науково-дослідних закладів свого профілю, як у колишньому Радянському Союзі, так і за кордоном.

Завоюванню цього авторитету сприяли і ті обставини, що тут працювали всесвітньо відомі вчені, такі як академік АН УРСР М.Г. Холодний (1936-1938 рр.), чл.-кор. УРСР М.М. Підоплічко (1931-1975 рр.), чл.-кор. АН УРСР В.Й. Білай (1935-1994 рр.), академік АН СРСР Б.Л. Ісаченко (1944-1948 рр.), академік АМН СРСР і чл.-кор. АН УРСР М.М. Сиротинін (1944-1948 рр.), чл.-кор. АН УРСР Л.Й. Рубенчик (1944-1975 рр.), академік АН УРСР С.М. Гершензон (1963-1968 рр.), чл.-кор. НАН України Н.С. Дяченко (1963-2003 рр.), чл.-кор. НАН України Ю.Р. Малашенко (1959-2006 рр.).

Нині тут плідно працюють члени-кореспонденти НАН України К.Л. Андреюк, Б.П. Мацелюх, І.Г. Скрипаль, Н.К. Коваленко, М.Я. Співак, Г.О. Іутинська, які разом з іншими науковцями розробляють в цей складний для розвитку науки час напрямки мікробіології і вірусології, необхідні нашій країні.

Завданням державної ваги стало розкриття в 1937 році етиології захворювання коней, яке викликало їх масову загибель в західних областях України і Білорусі. Виникла думка про те, щоб доручити співробітникам нашого інституту віднайти причини загибелі коней. До виконання досліджень з цього питання були залучені П.Ю. Марусенко (директор інституту і керівник групи), В.Г. Дроботько (науковий керівник групи) та мікробіологи П.Д. Ятель, Д.Г. Кудлай, Б.Ю. Айзенман, М.Г. Колесник, М.М. Підоплічко, Б.Й. Каган. Комплексний підхід до вирішення завдання дав вже в 1938 році позитивні наслідки: причини за­хворювання були встановлені, а саме воно було ліквідовано. 12 лютого 1939 року всі поіменовані вище особи були нагороджені орденами Радянського Союзу. В історії АН УРСР це був перший випадок відзначення її вчених високими урядовими нагородами.

Важливою проблемою, над вирішенням якої розпочав роботу в повоєнні роки колектив інституту, повернувшись з евакуації, було одержання та вивчення антибіотиків з мікроорганізмів, мікроскопічних грибів і рослин. Проблема створення нових антимікробних лікарських препаратів, була розширена в ІМВ НАНУ за рахунок залучення для цього живих культур бактерій. Цей новий підхід, коли мікроби використовуються проти мікробів при лікуванні інфекційних захворювань, набув значного розвитку в інституті і незабаром було створено більше десяти пробіотичних препаратів для лікування дисбактеріозів у людини, тварин, птахів та хвороб рослин.

З приходом Л.Й. Рубенчика в 1944 році до керівництва відділом загальної та ґрунтової мікробіології були започатковані і розвиваються нині дослідження з екології та геохімічної діяльності мікроорганізмів. Ґрунтові мікроорганізми досліджувались на популяційному і ценотичному рівнях з метою виявлення їх взаємовідносин та відносин між ними і вищими рослинами. Цікаві дані були одержані при вивченні зако­номірностей формування і функціонування мікробних угруповань ґрунтів різних агроекосистем. Відкрито властивість мікробних полісахаридів створювати біопротективний ефект у відношенні до гумінових кислот, що позитивно впливає на гумусовий баланс грунту. Розкриті механізми взаємодії мікро- і макросимбіонтів на ранніх етапах пізнавання. Створена колекція стрептоміцетів і азотфіксуючих бактерій, на основі яких розроблені препарати для рослинництва.

З 60-х років в інституті розвивається новий напрямок – вивчення літо- і гетеротрофних бактерій та міксоміцетів, як факторів біокорозії. Вперше була встановлена біогенна природа корозії підземних металевих і бетонних споруд, основним чинником якої є тіонові та сульфатредукуючі бактерії (К.І.Андреюк). На підприємствах приладобудівної, оптичної, радіо- і телекомунікаційної та інших галузей промисловості, а також у сховищах культурних цінностей основними факторами пошкодження приладів, книг, картин тощо є мікроскопічні гриби. Проблема «Мікробна корозія промислових матеріалів і розробка методів її попередження» є невичерпною і нескінченною, тому виконання окремих завдань з цієї проблеми здійснюється і сьогодні.

У відділах сектору технічної мікробіології було вивчено багато мікроорганізмів різних таксономічних груп: дріжджі, корінеподібні та молочнокислі бактерії, метан- і метанолокислюючі бактерії тощо, проведені глибокі дослідження з проблеми мікробіологічного синтезу білка із вуглеводнів нафти, природного газу, інших видів нехарчової сировини. Створено багато біотехнологій одержання різних препаратів та продуктів харчування (Є.І. Квасніков, В.С. Підгорський, Ю.Р. Малашенко, Н.К. Коваленко).

У 1954 році з ініціативи В.Г. Дроботька в інституті були розпочаті дослідження вірусів рослин, а в 1960 році організовано відділ вірусології, який очолив С.М. Московець. Дослідження з вірусології розвивалися так стрімко, що у 1963 році в інституті був створений під керівництвом С.М. Гершензона сектор вірусології, а інститут було перейменовано в Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного АН УРСР. За час існування сектору вірусології (1963 – 1967 рр.) набули всебічного розвитку дослідження вірусів рослин, тварин і мікроорганізмів. Була створена сучасна на той час база для проведення вірусологічних досліджень, виявлені та вивчені віруси – збудники хвороб основних сільськогосподарських рослин на території України, досліджені їх структура, фізико-хімічні та антигенні властивості, штамовий склад, взаємодія вірусів з клітиною. Інтенсивно вивчалися віруси ціанобактерій та грибів, віруси комах, розроблялися засоби і рекомендації щодо боротьби з вірусними хворобами.

Нині в ІМВ вивчаються віруси рослин, мікроорганізмів та аденовіруси людини і тварин. Під керівництвом Н.С. Дяченко проведено комплексне вивчення компонентів аденовірусів і особливостей експресії їх геномів. Встановлено лімфотропність аденовірусів, вперше створено модель змішаної інфекції лімфоцитів аденовірусами, вірусом імунодефіциту людини та вірусом Епштейн-Барр з родини герпесвірусів і з'ясовано, що при цьому спостерігається взаємна інтерференція вірусів. Для вірусів мікроорганізмів встановлені можливість стабілізації їх лізогенії, попередження фаголізису ними промислово цінних рас мікроорганізмів, модульна структура помірних фагів ервіній і взаємодія останніх з іншими епісомними елементами, бактеріоцинами, криптичними плазмідами та зв'язок з патогенністю. Створені оригінальні технології одержання гама-інтерферонів людини і тварин (М.Я. Співак).

Значні здобутки колективу інституту в минулому є підґрунтям для його розвитку в майбутньому. Досвід вчених інституту обумовлює необхідність негайного вирішення багатьох теоретичних питань, пов'язаних з розробкою нових біотехнологій і удосконаленням існуючих, захистом і оздоровленням довкілля, вирішенням проблем, які ставлять перед мікробіологічною і вірусологічною наукою сільське господарство, промисловість і охорона здоров'я.

У зв'язку з цим чільну увагу потрібно приділити дослідженням, метою яких є вивчення механізмів біологічної активності мікроорганізмів і вірусів як основи для розробки новітніх біотехнологій для створення необхідних продуцентів і важливих для людини речовин і продуктів.

Враховуючи катастрофічний стан навколишнього середовища в Україні, забруднення ґрунтів, річок та інших водойм радіонуклідами, хімікатами, продуктами господарської діяльності людини, слід негайно розвивати дослідження, орієнтовані на розробку мікробіологічних засобів очищення ґрунтів, стічних вод підприємств та сільських господарств від забруднень i одержання при цьому цінних компонентів і металів для подальшого їх використання в різних галузях економіки країни.

Вивчення первинної структури геномів, метагеномного (геноміки спільнот окремих екосистем) аналізу мікроорганізмів і вірусів повинно стати основою для удосконалення систематики і створення нових підхо­дів до контролю їх життєдіяльності. Традиційно мікроорганізми повинні вивчатися як перспективні продуценти антибіотиків, ферментів, вітамінів, лектинів, полісахаридів тощо. Основою для цього повинна бути і є Національна колекція мікроорганізмів і вірусів, створена в інституті. Сьогодні в колекції зберігається понад 20 000 штамів і видів мікроорганізмів, які можуть стати базою для одержання новітніх ліків або харчових препаратів, проведення молекулярно-біологічних і генно-інженерних досліджень.

Очікується, що будуть розширені роботи з цитології і ультраструктури клітин мікроорганізмів. Особлива увага приділятиметься дослідженням структури клітинної стінки, її зовнішньої мембрани і глікокаліксу з метою пізнання механізмів взаємодії клітин мікроорганізмів з тканинами людини, тварин, рослин і різними поверхнями.

Оскільки Україна має гостру потребу у джерелах енергії, мікробіологи інституту мають приймати активну участь у вирішенні цієї проблеми шляхом створення технологій одержання енергії з відновлюваних джерел.

Колектив ІМВ НАНУ має великий потенціал відносно усіх цих питань і при умові своєчасної підтримки з боку держави його вчені сторицею виправдають цю підтримку і зроблять все, щоб Україна як найшвидше подолала штучно зроблену її керівниками кризу і зайняла достойне місце серед розвинутих країн світу. Адже традиційно фундаментальні дослідження ІМВ НАНУ тісно пов'язані з їх практичною реалізацією - в охороні здоров'я, сільськогосподарському виробництві і майже в усіх галузях промисловості застосовуються розробки його співробітників. За останні роки в інші країни продано 7 ліцензій на різні біотехнології. За тісний зв'язок фундаментальних досліджень з їх практичною реалізацією та підготовку висококваліфікованих кадрів колектив ІМВ НАНУ був у 1978 році нагороджений орденом Трудового Червоного Прапору, що є єдиним випадком у колишньому СРСР для академічних мікробіологічних закладів загальнобіологічного профілю.