Нині структура інституту складається з відділів антибіотиків; фізіології промислових мікроорганізмів; загальної і грунтової мікробіології; біохімії мікроорганізмів; фітопатогенних бактерій; біології газоокислювальних мікроорганізмів; фізіології і систематики мікроміцетів; генетики мікроорганізмів; мікробіологічних процесів на твердих поверхнях; мікоплазмології; молекулярної біології вірусів; проблем інтерферону та імуномодуляторів; фітопатогенних вірусів та лабораторій репродукції вірусів та вторинних метаболітів, мікроміцетів.

ВІДДІЛ АНТИБІОТИКІВ
Завідувача відділу – д.мед.н. Авдєєва Лілія Василівна
Тел/факс:(38044) 526-24-09, E-mail:avdeeva@imv.kiev.ua

ВІДДІЛ ФІЗІОЛОГІЇ ПРОМИСЛОВИХ МІКРООРГАНІЗМІВ
Завідувач відділом - д.б.н., проф., академік НАНУ Підгорський Валентин Степанович.
Тел.:(38044)526-11-79, 526-92-16, Факс:(38044) 526-23-79, E-mail:podgorsky@serv.imv.kiev.ua

ВІДДІЛ ЗАГАЛЬНОЇ І ГРУНТОВОЇ МІКРОБІОЛОГІЇ
Завідувач  відділом –  д.б.н., проф., член-кор.НАНУ Іутинська Галина Олександрівна
Тел.: (38044) 526-34-79, 526-55-57 Факс: (38044) 5262379, E-mail:cenoz@serv.imv.kiev.ua

ВІДДІЛ БІОХІМІЇ МІКРООРГАНІЗМІВ
Завідувач відділом – д.б.н., проф. Варбанець Людмила Дмитрівна,
Тел:(38044) 526-23-39,Факс:(38044) 526-23-79, E-mail:varbanets@serv.imv.kiev.ua

ВІДДІЛ ФІТОПАТОГЕННИХ БАКТЕРІЙ
Завідувач відділом  – д.б.н.,  проф., академік УААН Патика Володимир Пилипович 
Тел:(38044) 526-77-78, Факс:(38044) 526-23-79, E-mail:vpatyka@mail.ru

ВІДДІЛ ФІЗІОЛОГІЇ ТА СИСТЕМАТИКИ МІКРОМІЦЕТІВ
Завідувач відділом –  к.б.н., Курченко Ірина Миколаївна,
Тел.:(38044) 526-11-89; E-mail: irina_kurchenko@rambler.ru

ВІДДІЛ БІОЛОГІЇ ЕСТРЕМОФІЛЬНИХ МІКРООРГАНІЗМІВ
Завідувач  відділом  – д.т.н., Таширєв Олександер Борисович,
Тел.:(38044) 526-32-97, E-mail:

ВІДДІЛ ГЕНЕТИКИ МІКРООРГАНІЗМІВ
Завідувач відділом – д.б.н., проф., чл.-к. НАНУ Мацелюх Богдан Павлович,
Тел.:(38044) 522-67-62, Факс:(38044) 522-23-79, E-mail: bohdan@serv.imv.kiev.ua

ВІДДІЛ МІКРОБІОЛОГІЧНИХ ПРОЦЕСІВ НА ТВЕРДИХ ПОВЕРХНЯХ
Завідувач відділом – д.б.н., проф. Курдиш Іван Кирилович,
Тел.: (38044) 526-90-11, E-mail: Kurdish@serv.imv.kiev.ua

ВІДДІЛ МІКОПЛАЗМОЛОГІЇ
Завідувач  відділом – к.б.н. Коробкова Катерина Сергіївна,
Тел.: (38044) 526-23-09, Факс: (38044) 526-23-79, E-mail: korobkova@imv.kiev.ua

ВІДДІЛ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ГЕНЕТИКИ БАКТЕРІОФАГІВ
Завідувач відділом – д.б.н., професор Товкач Федір Іванович,
Тел (38044) 526-61-57, E-mail: feodorit@mail.ru

ВІДДІЛ ПРОБЛЕМ ІНТЕРФЕРОНУ ТА ІМУНОМОДУЛЯТОРІВ
Завідувач відділом  - д.б.н., проф., член-кор. НАН України Співак  Микола Якович,
Тел.: (38044) 526-94-25, Факс: (38044) 526-23-79, E-mail: Spivak@serv.imv.kiev.ua

ВІДДІЛ ФІТОПАТОГЕННИХ ВІРУСІВ
Завідувач відділом –  д.б.н. Щербатенко Іван Степанович,
Тел.: (38044) 526-93-14, Факс: (38044) 526-23-79, E-mail:

ЛАБОРАТОРІЯ РЕПРОДУКЦІЇ ВІРУСІВ
Завідувач лабораторією -  к.б.н. Нестерова Надія Віталіївна, 
Тел: (38044) 526-61-68, Факс: (38044) 526-23-49, E-mail: nesterova_imv@rambler.ru

ЛАБОРАТОРІЯ ВТОРИННИХ МЕТАБОЛІТІВ МІКРОМІЦЕТІВ
Завідувач лабораторією – д.б.н., проф. Зайченко Олександр Максимович,
Тел:(38044) 526-94-24, E-mail: zaichenko@imv.kiev.ua